Župa Pećine osnovana je 1856. godine. izdvajanjem gornjih krajeva župe Dolac i pripajanjem sela tzv.Travnićkog Skopja
koja su bila pripadala Skopaljskoj župi (Uskoplje). Kad je 1937. osnovana zupa Rankovići, sela donjeg kraja župe
Pećine pripadaju se novoosnovanoj župi; a kada je 1983. godine osnovana župa Novi Travnik, opet se odvaja jedan dio župe
i pripadaju novoj župi. Župa je od ove podjele imala 3516 vjernika, od ćega je 1030 pripalo novoj župi.
U sastavu župe ostala su ova sela: Gornjr Pećine, Ruda, Donje Pećine (Novkovići), Duhovo (Dovo),Kovaćići, Sudari, Harambašići,
Medine i Grgići. Kamen temeljac za gradnju župne crkve Presv. Srca Isusova blagoslovljen je 1886. godine. a gradnja crkve dovršena je
1906. godine. Godine 1970. župnik vić. Augustin Lozić pokreće obnovu i prosirenje crkve te je dovršava sljedeće godine,
tako da ona dobiva današnji izgled. Crkvu je posvetio 19. rujna 1971. pomoćni biskup vrhobosanski, mons. dr. Tomislav Jablanović.
Prema popisu stanovništva 1991. godine župa je imala 2292 vjernika. Tijekom napada na ovo podrućje naj prije 1992. zatim i 1993.
svi su župljani izbjegli ili protjerani. Župnu su crkvu najprije devestirale muslimanske postojbe, a godine 1996. uoći Božića,
godinu dana nakon potpisivanja Deytonskog sporazuma, crkva je zapaljena.
U jesen 1999. novi župnik vić. Zlatko Ivkić s nekoliko župljana doseljava u župu pa uz pomoć Božiju i zalaganje dobrih ljudi 2000. zapoćinje obnovu,
crkvu pokriva i gotovo završava grube unutarnje radove. Zapoćetu obnovu nastavlja župnik vić. Andrija Župarić, a dovršava
župnik vić. Donald Marković. U vrijeme posvete u župu Pećine vratilo se 200 vjernika koji žive u selu Pećine, Ruda, Donje Pećine, Duhovo i
Kovaćići.
Crkvu i oltar posvetio je uzoriti gospodin Vinko kardinal Puljić, nadbiskup vrhobosanski, uoći svetkovine Presv. Srcs Isusova
i proslave 150. obljetnice od osnutka župe, 22. lipnja 2006. godine.
U oltar crkve ugrađene su moći svete Marije Margarite Alacoque. djevice i promicateljice pobožnosti Presvetom Srcu Isusovu.